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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展示出广的生物工程灵活性，涉及到抗恶性肿瘤和抵抗毒反应。普通，三萜是能够甲羟戊酸手段结合的，并从先天蕨类植物和真菌孢子中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习学习综述。该学习察觉三萜类有机化合物野生灵芝粉酸（GA）是能够药液的培养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物工程转变成引发的。完成转录组和球膳食纤维组学高科技进步深入研究无柄虫草菌丝体中DHT引发两种方式虫草酸（GA）的新机制，并依据几组学高科技探测到的差别的dna和差别的球核蛋白，推断DHT 动物工程转化成 GA 的条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功效各类

按照对无柄野生灵芝病菌菌丝体做转录组测序共得以67230个转录本和14295个单染色体遗传。在这类单染色体遗传中，493个被鉴别为之间的关系表达爱方法出染色体遗传（DEGs），这之中213个表达爱方法出上浮，279个表达爱方法出下降（图1A）。GO聚集讲解后，DEGs包含生物技术流程（BP）、神经组织成分表（CC）和团伙用途（MF）3类。在BP品类中，出来了前四个子品类：抗菌药细化分解排泄转化率流程，乙酸盐分解排泄转化率流程和甲酸盐分解排泄转化率流程;而在CC品类中，神经组织外区、突触复合型体、突触成分是前四个亚类。对於MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）灵活性氧酶类、阳极氧化抹除酶灵活性氧酶类和酸氨（或酰胺）接触酶灵活性氧酶类是前四个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG环路讲解中，前30条聚集度高的环路含有27条专属分解排泄转化率，这之中二氧化氮分解排泄转化率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解排泄转化率、丙酸盐分解排泄转化率数字信号环路为显著聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和功能模块类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄虫草细菌菌丝体去核核苷酸组学分享，至少确认了16,457种独具特色肽、2606种核核苷酸和2588种按量核核苷酸。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的选择前提下，在此2606种核核苷酸中，94种被技术鉴定为的差异性展示出核血清（DEPs），这里面的52种上浮，42种下降（图2A），图2C表明了的差异性展示出核血清的聚类讲解法分享热图。从GO分享来了解，BP类目表明，很绝对多数DEPs参与的冰醋酸盐消化吸收的环节、消炎药可溶解消化吸收的环节和制剂可溶解消化吸收的环节。CC类DEPs在内部外区、过硫化物酶体和微体中占比例图更高，硫化重现酶亲水性和甲酸脱氢酶（NAD）亲水性在MF类中DEPs的比例图更高（图2B）。与转录组后果相似性，KEGG信号灯径路分享表明，不少DEPs在消化吸收中含有，这里面的3条最含有的行业是光合微微生物中的碳稳定、碳消化吸收和MAPK信号灯信号灯径路（图2D）。还有就是，用分享GO大sql数据的CC对DEPs去亚内部导航定位分享和注音（图2E），DEPs注意匀称在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs微微生物提炼的注意地段。

图2|淀粉酶质组的降钙素原检测概述和基本功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物转变和比对组得票率DEGs和DEPs拍摄了维恩图，有20个地域差异呈现方法遗传DNA（图3A）。对转录组和核蛋清酶质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs做聚类算法概述，挖掘mRNA和核蛋清酶质中有16个上浮遗传DNA和6个调低遗传DNA，DEGs两者翻译英语的DEPs呈现方法品质呈正想关，应用场景Pearson的想关公式概述，在转录组和核蛋清酶质组中测量到较为较高的想关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检侧结局现示，E组和C组16个DEGs的展现层次差异性取得，中仅9个为调涨DEGs，二个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现动向与转录混合物析结局一直。

图3|蛋白酶质组的化学发光法研究和效果检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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