
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于表面抗原外来物种活性朋友、寡核苷酸呈现成本投入慷慨激昂或运行流程图非常复杂。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯院士拜谱生物在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个高效率费用、跨种群、全平台网站兼容的全新解决方案。
期刊论文概述
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由我国的国家数职业职业技术学院基因基因遗传性的与发育期生物工程制品学实验分析所和我国的国家基因基因遗传性的实验会承办的全国学术界交流论文杂志论文杂志,锐意创新于报道怎么写生命值数学和生物工程学基因基因遗传性的学的范围的亿人性实验分析优秀成果。JGG 2021年度印象指数公式7.1,Scopus学术界交流论文杂志论文杂志品价质量指标CiteScore 9.9,排名第JCR 2021年度GENETICS & HEREDITY的范围Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY的范围Q1区,排名第我国的国家数职业职业技术学院论文杂志论文杂志区域生物工程制品学小类1区(Top论文杂志论文杂志),基因基因遗传性的学和生化学与原子核生物工程制品学小类双1区。BIOPROFILE
啥是HEATag
精妙的“二合并”装修设计
HEATag是由凝集素和HUH内切酶搭建的容合血清
「定位系统器」包块 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化呈现(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「链接器」控制器 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)指数条状码开始共价进行连接。
“1+1>2”的效果好:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行模板符号与产品追溯。
Fig1: HEATag多个标志方式示活动反思图
BIOPROFILE
实战彩票玩法查验
HEATag不懈有大多能打?
能能在的不同必要条件下,保证喂母乳動物体人体细胞系单体人体细胞混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。研究探讨团体为 HEATag 使用了多轮 “负荷測試”,从上皮细胞膜系到上皮细胞膜核,从温度低到温度低,从新鲜样品到不变样品,全八卦方位验正它的动态平衡性和靠普性。
1轮检查而对哺乳期间猎物神经元系:研究了解工作员采用了发源人、鼠、仓鼠这三个植动物群类的多种神经元(HEK293T、K562、MEF、CHO),在高温下能 HEATag 符号后搅拌测序。终结收废的 11447 个神经元中,85.66% 都能凭借 HEATag 长形码准确无误适配到原植动物群类,样板间交叉式污染源较少,UMAP 聚类了解了解无论是之间证明材料,HEATag 长形码与植动物群类炎症因子聊天dna组表现较高同一。 紧接着,测试软件环境进一次提升等级:理论研究工人试穿在 4℃下标注新鲜松茸毛肚体神经元核、在环境温度下标注甲醇稳定体神经元核,以至于真接标注体神经元核核。结局早已完美:因此环境下,样板标示与种群数据信息均具最好的有关的性,分割最准率超 95%。即使甲醇稳定会致使略微的转录本交叉的情况造成的污染,体神经元核核化学合成会极少量 RNA 流失率,体神经元核类形的注解结局早已与新鲜松茸毛肚样板提高高度,证明书 HEATag 需要标注不一样的除理环境下的科学试验样板。
Fig2: HEATag 可在各个状态下完全单血细胞转录组混样研究
是可以符号喂乳猎物和海域无脊椎神经猎物的原代组织细胞
如果你说細胞系检验是 “基本条件题”,那机构样品也是 “扩展题”, 哪些样品因此因細胞品类麻烦、条件满足性特别,拥有符号技术应用的 “薄弱环节”,而 HEATag 恰恰恰在哪些 “薄弱环节” 上增添了的优势。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸企业,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞除了能被最准辨别,拥有大部分受损细胞性质的聚类分析的结果都精准可辨。
更令人惊喜的是HEATag对浅海动物的兼容性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 长条码与动物群转录组有着较高相符性,还没有发现因高盐自然环境造成的 “标记图片出现异常”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可构建乳期各种动物公司模本众多 scRNA-seq 讲解
Fig4: HEATag可构建优质海洋资源无脊梁骨宠物几斤 scRNA-seq 讲解
HEATag与体细胞的组合会致使转录组的有效增加
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在做好标上作业的同样,不容易对后期的转录混合物析致使侵扰,切实保障了探析数据源的真性。
Fig5: HEATag不懂印象样本量的 RNA 抒发方式
BIOPROFILE
在不念过往
HEATag 能为单体细胞调查面临什么呢?
HEATag 的的价值,远不绝于 “解決标示间题”,它的迟钝性和普遍性,也正在为单肿瘤细胞科学研究开放更加多或者性
从适用的场景看看
HEATag 能包裹从 “单纯相对分折”(如癌阻止与日常阻止、制剂加工处理与对比)到 “大位置性研发探讨”(如阻止神经神经元图谱绘图、高通芯片量选择)的全位置需求分析。由于 PIP-seq、Stereo-cell 等新颖可扩大的技术的不断发展,HEATag 还能进1步升降单神经神经元研发探讨的通量,帮助科技技术团队进行更具位置性的项目流程。从跨研究方向发展潜力看你
HEATag 不止实应用于转录组学,还能与表观什么是基因组学、蛋白质组学、环境组学等技木切合,能否通过定做检索和寡核苷酸字段,HEATag 能否高效渗透到不一样的的组学程序,不印象数据信息驯服深度的。还,应用于HEATag还能否提升单细胞核糖组学设计技木。BIOPROFILE
加盟动态化
拜谱生物工程与陈凯教受达到目标分式的运算达成合作有意向的客户
可以大家关注的是,在 HEATag 新新技术设备展现什么出非常大采用优势的情况下,拜谱生物体技术体已与南方城市大海科学新技术设备与建筑工程湖南省调查室(深圳)陈凯专家教授完成率初始合作的需求。两方预计着力 HEATag 新新技术设备的制造业化起飞、研发做工作转成等方问选取深度.合作,促进改革某种低料工费、跨种群的单体神经元系符号新新技术设备最快采用于真实研发做工作景象,为较多调查室带来了有效率、资金的单体神经元系分析APP,转向研发做工作做工我们在体神经元系生物体技术体学、大海生物体技术体学、病毒逻辑等方面拿到较多超出