
2025年2月23日福建专科大学王英杰英语老师创业团队等在Stem Cell Research & Therapy杂质(7.1)上发表“OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells”的文章,文章发现在低氧应激条件下,转录因子OCT4可以作为RNA结合蛋白在转录后水平激活AKT信号通路,维持多能干细胞的存活和多能性。研究团队通过HITS-CLIP等组学分析技术,发现OCT4蛋白能与一系列靶mRNA结合。在应激条件下,OCT4蛋白可脱离DNA结合模式,转而结合到AKT通路相关基因(如AKT1)mRNA的5'UTR区域,发挥RBP和ITAF的功能。进一步利用翻译组测序(RNC-seq)和蛋白质组学分析证实,这种结合显著提升了靶mRNA的翻译效率,导致AKT通路蛋白的快速翻译,促进细胞存活。拜谱微生物为该论述给出了蛋白质互作组检查测量保障,助力揭示OCT4的互作蛋白。该散文数据通讯我王英杰政治老师为拜谱微菌物首席总裁小学科学专员,拜谱微菌物总运营经理呼建文协同摘要投稿。
用英语文章标题:OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells, Stem Cell Research & Therapy, IF 7.1, 2025
编辑政府部门:浙江大学
探索产品:人类胚胎干细胞系H1和H9、NCCIT细胞
组学技木:转录组、球蛋白互作组
PART.1
论述报告
OCT在转录后含量解锁AKT1蛋白酶表答
用RNA串扰敲低OCT4,知道AKT1 mRNA级别取得提高,而球核蛋白级别变动太大。这察觉OCT4在AKT1展现干预中具备转录后/译文资料级别的差异性。OCT4作为一个的一种重要设在人体人体神经細胞高并发挥能力的转录指数,而大组成部分转录后/译文资料时候发生的在人体人体神经細胞质中,我们用亚人体人体神经細胞分离出来才能得到胞质、人体人体神经細胞多组分,知道人体人体神经細胞质中的OCT约占总球核蛋白的10%。经由热塑免疫力凝固测序工艺(HITS-CLIP)勾画出OCT4-RNA互作组
因刚刚的探讨方案解析方案证明OCT4将会是RBP,从而探讨方案解析方案人数考虑实用HITS-CLIP技術机系统化地解析视频OCT4-RNA互不效果组。探讨方案解析方案人数实用CRISPR/Cas9机系统化建设了TAP-OCT4 H1体内部系,该体内部系在OCT4的5’UTR正后方敲入好几回个TAP标记纸,无误更特别容易地分开和丰度OCT4-RNA挽回物。借助一些的方法,探讨方案解析方案人数区分了很多OCT4紧密构建位点,他们位点分布图制作在5’UTR、CDS、3’UTR、基本成分子、非商品代码遗传基因遗传外显子、遗传基因遗传间空间和反义CLIP-seq标记纸中(图1)。实用MEME手机app对OCT4紧密构建位点来motif解析,发现GC-rich的(5′-GCCG-3′)回文序列在OCT4紧密构建位点中重要丰度,针对是靠近译员起点位点的GC-rich六聚体(图1)。
图1 OTC4整合靶什么是基因mRNA的5’-UTR地方
可以通过OCT4运用PI3K/AKT信号通路人类基因的mRNA
海洋菌物新信息学具体定量分享一下提示 OCT4融合在一起的dna大部门进行RNA細胞代谢、翻泽专业、不同的刺激性和负担反馈等海洋菌物学的时候,这反映OCT4在这的时候中机会起到关键的自我自动调节角色。这dna的功用表涉及到蛋白酶质磷过酸、内源性凋亡信息数据径路和干細胞保证等。GO具体定量分享一下反映,OCT4融合在一起的dna分布区在細胞的大部门位置,涉及到細胞核、細胞质和細胞膜。GO团伙功用表具体定量分享一下反映,OCT4融合在一起的dna体现了DNA融合在一起、RNA融合在一起和激酶融合在一起等功用表。KEGG数据径路具体定量分享一下将OCT4融合在一起的dna聚类分析法到有几个数据径路中,但其中涉及到細胞黏附性、PI3K/Akt信息数据径路和PPAR信息数据径路。与AKT自我自动调节角色不一,OCT4融合在一起到数个PI3K/AKT信息数据径路dna的mRNA,涉及到PIK3CD、PIK3R2、PDPK1、AKT1、KRAS、BAD和EIF4E。这反映OCT4机会按照同时融合在一起其5’UTR来自动调节这dna的翻泽专业。OCT4与互作淀粉酶反应于翻译专业开始的自我调节
方便更精准的地鉴别体受损上皮上皮受损生殖细胞质质中的OCT4互作淀粉酶,的研究探讨探讨者对体受损上皮上皮受损生殖细胞质质淀粉酶去了性情温和的裂解,并省略了裂解降低液中含有核酸酶。一些必要条件往往补齐了淀粉酶/核酸能够 用处,还使核质TFs与染色体组DNA共沉积,才能相比聚集了体受损上皮上皮受损生殖细胞质质淀粉酶和的可溶解性核质淀粉酶(如剪接原子核)。实现一些措施,的研究探讨探讨者能够 明显情况地才能减少核质中OCT4转录原子核用处的串扰,并更精益求精于其是 RBP的新能力性。的研究探讨探讨者施用质谱系统鉴别了2七个OCT4互作淀粉酶,并研究了二者的亚体受损上皮上皮受损生殖细胞质品牌定位、原子核能力性和生物技术学时候(图2)。这样的淀粉酶核心是在体受损上皮上皮受损生殖细胞质质、体受损上皮上皮受损生殖细胞质质和体受损上皮上皮受损生殖细胞质膜,并都具有汉语译文资料专业原子核配合、RNA配合和淀粉酶配合等能力性。STRING淀粉酶组学无线网络研究进第一部阐明了多家OCT4互作淀粉酶与汉语译文资料专业、转录、压差发生反应和运送等4个组关联(图3)。这样的最终反映出,OCT4会参于的到mRNA汉语译文资料专业的房产调控。在2七个OCT4互作淀粉酶中,有非常经典的HNRNPA1和EIF3的形成有些EIF3G,这反映出OCT4会参于的到帽根据于性和/或帽非根据于性但EIF4F非根据于性汉语译文资料专业开始和结束时候。创作者进第一部得知OCT4、HNRNPA1和EIF3G会各自参于的到PI3K/AKT卫星信号径路染色体的帽非根据于性和/或帽根据于性但EIF4F非根据于性汉语译文资料专业开始和结束时候。
图2 OTC4血清互作类物质析
图3 OTC4蛋白酶互作组功能表探讨
OCT4自我调节低氧能力下PI3K/AKT径路DNA的翻泽比例
原著者使用翻譯英语组测序和转录组测序分析了低氧标准下OCT4在调理PI3K/AKT的无线预警环路遗传遗传dnamRNA翻譯英语或者全部遗传遗传dna中的意义。原著者优势互补了翻譯英语组和转录组的RPKM数据分析刷快了RNA的翻譯英语比列,即总mRNA中引发翻譯英语的mRNA比例表。KEGG性能含有显现变动翻譯英语比列的遗传遗传dna最主要的操作PI3K/AKT的无线预警环路、mTOR的无线预警环路、胰岛素的无线预警环路、凋亡和毁灭体环路等,而上涨翻譯英语比列的遗传遗传dna最主要的操作基本性转录要素、泛素介导的球胆固醇挥发、细胞膜时期和PI3K/AKT的无线预警环路等(图4)。可是显现OCT4在缺氧攻略标准下对PI3K/AKT的无线预警环路遗传遗传dna的翻譯英语至关为重要。OCT4会使用IRES介导的帽非信任性翻譯英语渠道使得PI3K/AKT的无线预警环路遗传遗传dna的翻譯英语。
图4 低氧必要条件下的OTC4对蛋清翻译专业的全面性性国家宏观调控
OCT4激活码的AKT1讲述来应该对星球基地和钝化应激状态
成了进一次探索分析OCT4与AKT1mRNA构建的规则,探索分析员食用HKINT方法(杂合子敲入N端标签设计)敲不光AKT1染色体5’UTR的那组成部分,以破环OCT4与AKT1 mRNA的间接之间功能。结果显示说明,TAP-AKT1核淀粉酶质情况方向更为明显大于原生态穿山甲型AKT1核淀粉酶质情况方向,而TAP-AKT1 mRNA情况方向则更为明显高出原生态穿山甲型AKT1 mRNA情况方向,这说明破环OCT4与AKT1 mRNA的间接之间功能会抑止TAP-AKT1的译员。在乏氧经济条件下,原生态穿山甲型AKT1核淀粉酶质情况方向在乏氧外理后8钟头更为明显变高,那么在24钟头后找回到原情况方向。而TAP-AKT1核淀粉酶质情况方向则在另一乏氧期間持续性的降低。TAP-AKT1受损肿瘤细胞比原生态穿山甲型受损肿瘤细胞更加极易多样性为外胚层和内胚层,但不加极易多样性为间充质。所述,OCT4按照IRES介导的路径更改密码AKT1的译员,所以在乏氧经济条件下维护PSCs的存留和自我认识提升学习能力。PART.2
经典文章个人心得体会
整合以上指出,本的研究知道OCT4是科学家大多能干内部中的1种RNA整合核营养素,它整合到mRNAs的5’-UTR、3’-UTR和CDS空间。在OCT4核营养素质间接用组中检查测量到多条已经知道参加IRES介导译员启始的核营养素质,整合RNC-seq/RNA-seq分折进第一步认可了OCT4在PSCs响应的脑氧气不足压力值的译员调整中的的关键用。比较适合要留意的是,OCT4在脑氧气不足條件下经过IRES介导行业整合到AKT1和多条PI3K/AKT警报通道基因遗传mRNAs的GC-rich器件上,并促进会因此的译员启始。经过HKINT方法步骤特男人受损AKT1 mRNA的5’-UTR组成和OCT4-5’-UTR间接用有效减少了AKT1的译员平均水平,会造成PSCs对钝化应激性成脂的凋亡牺牲尤为神经敏感,并原则向外胚层和内胚层分裂。PART.3
拜谱个人心得体会
本研究通过多组学技术揭示了OCT4作为一种新型的抗应激RNA结合蛋白,在应激条件下通过翻译调控促进多能干细胞的存活和自我更新。OCT4通过结合到AKT1等PI3K/AKT通路基因mRNA的5'-UTR区域,促进其在应激条件下的翻译起始,从而在PSCs的存活和分化中发挥关键作用。拜谱生物为该研究提供了球蛋白互作组质谱解析枝术,拜谱生物高技术可展示熟建立完善的转录组学、淀粉酶组学、基础代谢组学或多个学整合的产品高技术工作模式,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
参考价值期刊论文:
Chen W, Chen X, Chen C, et al. OCT4 translationally promotes AKT signaling as an RNA-binding protein in stressed pluripotent stem cells. Stem Cell Res Ther. 2025;16(1):84. Published 2025 Feb 23. doi:10.1186/s13287-025-04229-1